ФГУП не обязательно открывать счет в Федеральном казначействе. Унитарные предприятия, как заказчик по Закону № 44-ФЗ, вправе открыть счет в коммерческом банке.
Основание: унитарные предприятия не получают бюджетные средства, также унитарные предприятия вправе открывать банковские счета на территории России и за ее пределами в порядке, установленном Центральным банком. Вывод следует из статьи 78.2 Бюджетного кодекса.
Позиция подтверждена Минфином в письме от 30.03.2016 № 02-01-10/18023.